Vyplňování dodatečných souborů
Mimo komentářů vložených ve zdrojovém kódu je zde ještě pár dodatečných souborů, které je potřeba udržovat:<balíček>.types, <balíček>-docs.xml (dříve .sgml) a <balíček>-sections.txt.

Úprava souboru s typy
Pokud vaše knihovna nebo aplikace vkládá objekty GObject, chcete jejich signály, argumenty/parametry a pozici v hierarchii ukázat v dokumentaci. Vše, co pro to potřebujete udělat, je vypsat funkce xxx_get_type spolu s jejich include v souboru <balíček>.types.

Příklad úryvku ze souboru typů

#include <gtk/gtk.h>

gtk_accel_label_get_type
gtk_adjustment_get_type
gtk_alignment_get_type
gtk_arrow_get_type

Od GTK-Doc verze 1.8 vám tento seznam vygeneruje gtkdoc-scan. Stačí jen přidat „--rebuild-types“ do SCAN_OPTIONS v Makefile.am. Pokud tento přístup použijete, neměli byste soubor s typy šířit do správy verzí.

Úprava hlavního dokumentu
GTK-Doc produkuje dokumentaci v SGML/XML standardu DocBook. Když se zpracovávají komentáře vložené ve zdrojovém kódu, generují nástroje GTK-Doc pro každou třídu nebo modul jednu stránku dokumentace jako samostatný soubor. Všechny jsou pak uvedené seřazené v hlavním dokumentu.
Jakmile pro vás GTK-Doc vytvoří šablonu hlavního dokumentu, při pozdějším spuštění již do ní nezasahuje. To znamená, že můžete dokumentaci bez omezení strukturovat. A to včetně seskupování stránek a přidávání doplňujících stránek. GTK-Doc má v současnosti testovací sadu, ve které je také hlavní dokument vytvořen znovu od začátku. Je dobré se čas od času do něj nahlédnout, jestli se v něm neobjevily nějaké nové věci.
Nevytvářejte výukové dokumenty (tutorial) jako zvláštní dokumenty. Napište je jako zvláštní kapitolu. Výhodou přímého spojení výukového dokumentu k vaší knihovně s dokumentací API je snadné vytváření odkazů pro symboly. Zvyšuje se tím také šance, že výukový dokument bude reflektovat aktualizace v knihovně.
Nyní se podívejme, které věci můžete v hlavním dokumentu měnit. Pro začátek je to pouze název. Je zde několik zástupných hodnot (text v hranatých závorkách), o které byste se měli postarat.

Hlavička hlavního dokumentu

<bookinfo>
  <title>Referenční příručka k NÁZEV_MODULU</title>
  <releaseinfo>
    pro NÁZEV_MODULU [VERSION]
    Nejvnovější verzi tohoto dokumentu můžete najít on-line na
    <ulink role="online-location" url="http://[SERVER]/NÁZEV_MODULU/index.html">http://[SERVER]/NÁZEV_MODULU/</ulink>.
  </releaseinfo>
</bookinfo>

<chapter>
  <title>[Insert title here]</title>

Navíc se vytvoří pár volitelných prvků ve formě komentáře. Můžete si je projít a případně povolit.

Volitelná část hlavního dokumentu

  <!-- enable this when you use gobject introspection annotations
  <xi:include href="xml/annotation-glossary.xml"><xi:fallback /></xi:include>
  -->

Nakonec musíte přidat nový oddíl, kdekoliv chcete. Nástroj gtkdoc-check vás upozorní na nově vygenerované soubory XML, které zatím nejsou v dokumentaci zahrnuté.

Vkládání generovaných oddílů

  <chapter>
    <title>moje knihovna</title>
      <xi:include href="xml/object.xml"/>
      …

Úprava souboru oddílů
Soubor oddílů se používá k organizování výstupu dokumentace z GTK-Doc. Zde se určuje, který symbol náleží ke kterému modulu nebo třídě, a řídí se viditelnost (jestli je veřejný nebo soukromý).
Soubor oddílů je prostý textový soubor, ve kterém jsou oddíly oddělené značkami. Prázdné řádky se ignorují a s řádky začínajícími „#“ se zachází jako s komentářovými řádky.
Přestože díky značkám vypadá soubor podobně jako XML, není tomu tak. Neuzavírejte prosím značky jako je <SUBSECTION>.

Vkládání generovaných oddílů

<INCLUDE>libmeep/meep.h</INCLUDE>

<SECTION>
<FILE>meepapp</FILE>
<TITLE>MeepApp</TITLE>
MeepApp
<SUBSECTION Standard>
MEEP_APP
...
MeepAppClass
meep_app_get_type
</SECTION>

Značka <FILE> … </FILE> se používá k určení názvu souboru bez přípony. Například použití „<FILE>gnome-config</FILE>“ bude mít v deklaracích oddílu za následek výstup do souboru šablony tmpl/gnome-config.sgml, který bude převeden do souboru sgml/gnome-config.sgml ve formátu DocBook SGML nebo do souboru xml/gnome-config.xml ve formátu DocBook XML. (Název souboru HTML vychází z názvu modulu a názvu oddílu, případně pro GObject z názvu třídy GObject převedeného na malá písmena.)
Značka <TITLE> … </TITLE> se používá k určení názvu oddílu. To je použitelné pouze dříve, než je poprvé vytvořena šablona (pokud se používá), protože název nastavený v šabloně tento název přepíše. Navíc je považována za zastaralou v případě, že se používá komentář SECTION ve zdrojovém kódu.
Můžete také seskupovat položky v oddílu pomocí značky <SUBSECTION>. V současnosti způsobí prázdný řádek mezi pododdíly v souhrnné části. Můžete také použít <SUBSECTION Standard> pro standardní deklarace GObject (například funkce jako je g_object_get_type, makra jako G_OBJECT(), G_IS_OBJECT() atd.). V současnosti jsou tyto v dokumentaci vynechané. Můžete také použít <SUBSECTION Private> pro privátní deklarace, které ve výsledku nebudou (jedná se o ruční způsob, jak zabránit varovným hlášením o nepoužitých deklaracích). Pokud vaše knihovna obsahuje privátní typy, u kterých nechcete, aby se objevily v hierarchii objektů a v seznamu implementovaných nebo vyžadovaných rozhraní, přidejte je do pododdílu Private. Jestli umístit struktury jako GObject a GObjectClass do veřejné nebo standardní části záleží na tom, jestli mají veřejné položky (proměnné, virtuální metody).
Můžete také použít <INCLUDE> ... </INCLUDE> k určení #include souborů, které jsou zobrazené v souhrnné části. Obsahuje čárkami oddělený seznam jednotlivých #include souborů, bez lomených závorek. Když je nastavíte mimo kterýkoliv oddíl, budou fungovat pro všechny oddíly až do konce souboru. Když je nastavíte v konkrétním oddílu, použijí se jen pro něj.