Συμπλήρωση των επιπλέον αρχείων
Υπάρχουν ορισμένα επιπλέον αρχεία που πρέπει να ενημερώνονται παράλληλα με τα σχόλια εντός του πηγαίου κώδικα: <package>.types, <package>-docs.xml (στο παρελθόν .sgml), <package>-sections.txt.

Επεξεργασία του αρχείου types
Αν η βιβλιοθήκη ή η εφαρμογή σας περιέχει GObjects, θα θέλετε να εμφανίζονται στην τεκμηρίωση τα σήματα, τα ορίσματα/παράμετροι καθώς και η θέση τους στην ιεραρχία. Για να το πετύχετε, απλά καταγράψτε τις συναρτήσεις xxx_get_type μαζί με την συμπερίληψή τους στο αρχείο <package>.types.

Υπόδειγμα αποσπάσματος αρχείου types

#include <gtk/gtk.h>

gtk_accel_label_get_type
gtk_adjustment_get_type
gtk_alignment_get_type
gtk_arrow_get_type

Από την έκδοση 1.8 και μετά το gtkdoc-scan μπορεί να παράγει αυτόματα αυτή τη λίστα. Απλά προσθέστε την επιλογή "--rebuild-types" στο SCAN_OPTIONS του Makefile.am. Αν προτιμήσετε αυτή την προσέγγιση, θα πρέπει να μη συμπεριλάβετε το αρχείο types ούτε στη διανομή ούτε στον έλεγχο εκδόσεων.

Επεξεργασία κύριου εγγράφου (master)
Το GTK-Doc παράγει τεκμηρίωση σε μορφή SGML/XML DocBook. Κατά την επεξεργασία των σχολίων εντός του πηγαίου κώδικα, τα εργαλεία του GTK-Doc παράγουν μία σελίδα τεκμηρίωσης ανά κλάση ή άρθρωμα, η οποία αποθηκεύεται ως ξεχωριστό αρχείο. Το κύριο έγγραφο συμπεριλαμβάνει αυτά τα αρχεία και τα ταξινομεί.
Αν και το GTK-Doc παράγει αυτόματα ένα πρότυπο κύριο έγγραφο για σας, οι επόμενες εκτελέσεις δεν θα το ξαναθίξουν. Αυτό σημαίνει ότι μπορείτε να δομήσετε την τεκμηρίωση ελεύθερα. Αυτό περιλαμβάνει την ομαδοποίηση των σελίδων και την προσθήκη πρόσθετων σελίδων. Το GTK-Doc διαθέτει πλέον μια σουίτα για δοκιμές, στην οποία το κύριο έγγραφο αναδημιουργείται από την αρχή. Είναι καλό να το κοιτάτε κάπου-κάπου για να δείτε αν υπάρχουν κάποια νέα καλούδια που εισήχθησαν εκεί.
Μη δημιουργείτε εγχειρίδια ως νέα έγγραφα. Απλά προσθέστε επιπλέον κεφάλαια. Το όφελος της ενσωμάτωσης απευθείας του εγχειριδίου για μια βιβλιοθήκη στην τεκμηρίωση API είναι ότι έτσι διευκολύνεται η διαδικασία δημιουργίας συνδέσμων από το εγχειρίδιο προς την τεκμηρίωση των συμβόλων. Επίσης, έτσι καθίσταται πιθανότερη η ενημέρωση του εγχειριδίου μαζί με τη βιβλιοθήκη.
Ποιες είναι λοιπόν οι αλλαγές που πρέπει να γίνουν στο κύριο έγγραφο; Πρόκειται για λίγες μόνο αλλαγές σε ορισμένα placeholders (κείμενα εντός αγκυλών) που πρέπει να διευκρινήσετε.

Κεφαλίδα κύριου εγγράφου

<bookinfo>
  <title>MODULENAME Reference Manual</title>
  <releaseinfo>
    for MODULENAME [VERSION]
    The latest version of this documentation can be found on-line at
    <ulink role="online-location" url="http://[SERVER]/MODULENAME/index.html">http://[SERVER]/MODULENAME/</ulink>.
  </releaseinfo>
</bookinfo>

<chapter>
  <title>[Insert title here]</title>

Επιπλέον κάποια στοιχεία επιλογής δημιουργούνται με μορφή σχολίου. Μπορείτε να τα ελέγξετε και να τα ενεργοποιήσετε όπως θέλετε.

Προαιρετικό τμήμα στο κύριο έγγραφο

  <!-- enable this when you use gobject introspection annotations
  <xi:include href="xml/annotation-glossary.xml"><xi:fallback /></xi:include>
  -->

Τέλος, χρειάζεται να προσθέσετε νέα ενότητα όποτε εισάγετε μία. Το εργαλείο gtkdoc-check θα σας θυμίσει τα νεοδημιουργούμενα αρχεία xml που δεν περιλαμβάνονται ακόμα στο έγγραφο.

Συμπερίληψη των δημιουργούμενων ενοτήτων

  <chapter>
    <title>my library</title>
      <xi:include href="xml/object.xml"/>
      ...

Επεξεργασία αρχείου ενοτήτων
Το αρχείο ενοτήτων χρησιμεύει στην οργάνωση της τεκμηρίωσης που παράγεται από το GTK-Doc. Εδώ διευκρινίζεται σε ποιο άρθρωμα ή κλάση ανήκει κάθε σύμβολο και αποφασίζεται η ορατότητά του (αν θα είναι δημόσιο ή ιδιωτικό).
Το αρχείο ενοτήτων είναι ένα αρχείο απλού κειμένου με ετικέτες οριοθετημένων περιοχών. Οι κενές γραμμές αγνοούνται, ενώ οι γραμμές που ξεκινούν με '#' αντιμετωπίζονται ως γραμμές σχολίων.
Ενώ οι ετικέτες δείχνουν πως είναι ένα αρχείο xml, στην πραγματικότητα δεν είναι. Παρακαλούμε μην κλείνετε τις ετικέτες όπως <SUBSECTION>.

Συμπερίληψη των δημιουργούμενων ενοτήτων

<INCLUDE>libmeep/meep.h</INCLUDE>

<SECTION>
<FILE>meepapp</FILE>
<TITLE>MeepApp</TITLE>
MeepApp
<SUBSECTION Standard>
MEEP_APP
...
MeepAppClass
meep_app_get_type
</SECTION>

Η ετικέτα <FILE> ... </FILE> χρησιμοποιείται για να δηλώσει το όνομα του αρχείου, χωρίς οποιοδήποτε επίθημα. Παραδείγματος χάρη, η χρήση του '<FILE>gnome-config</FILE>' θα καταλήξει στην ενότητα δηλώσεων που εξάγονται στο αρχείο προτύπου tmpl/gnome-config.sgml, το οποίο θα μετατραπεί στο αρχείο DocBook XML xml/gnome-config.sgml ή στο αρχείο DocBook XML xml/gnome-config.xml. (Το όνομα του αρχείου HTML βασίζεται στο όνομα του αρθρώματος και τον τίτλο της ενότητας, ή για τα GObjects βασίζεται στο όνομα κλάσης GObjects που μετατράπηκε σε πεζά γράμματα).
Η ετικέτα <TITLE> ... </TITLE> χρησιμοποιείται για να ορίσει τους τίτλους των ενοτήτων. Χρησιμεύει μόνο πριν τη δημιουργία των προτύπων, καθώς ο τίτλος που περιέχεται στα αρχεία προτύπων αντικαθιστά αυτούς τους τίτλους. Επίσης, αν χρησιμοποιείται το σχόλιο SECTION στον πηγαίο κώδικα, αυτό είναι παρωχημένο.
Μπορείτε να ομαδοποιήσετε στοιχεία στην ενότητα χρησιμοποιώντας την ετικέτα <SUBSECTION>. Με την τωρινή της μορφή, εμφανίζει μία κενή γραμμή μεταξύ υποενοτήτων στη συνοπτική παρουσίαση. Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε την <SUBSECTION Standard> για κλασικές δηλώσεις GObject (π.χ. συναρτήσεις όπως η g_object_get_type και μακροεντολές όπως οι G_OBJECT(), G_IS_OBJECT(), κτλ.). Προς το παρόν αυτές οι δηλώσεις μένουν εκτός τεκμηρίωσης. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την ετικέτα <SUBSECTION Private> για ιδιωτικές δηλώσεις που δεν πρόκειται να εμφανιστούν στην τεκμηρίωση (έτσι αποφεύγετε τις προειδοποιήσεις για δηλώσεις που δεν χρησιμοποιούνται). Αν η βιβλιοθήκη σας περιέχει ιδιωτικούς τύπους, για τους οποίους δεν επιθυμείτε να εμφανίζονται στην ιεραρχία αντικειμένων και στη λίστα υλοποιημένων ή απαιτούμενων διεπαφών, προσθέσετε τους σε μία ιδιωτική υποενότητα. Αν θα τοποθετήσετε κλάσεις GObject και GObjectClass σε δημόσιες ή κλασσικές ενότητες εξαρτάται από το αν έχετε δημόσιες καταχωρήσεις (μεταβλητές,vmethods).
Μπορείτε, επίσης, να χρησιμοποιήσετε την ετικέτα <INCLUDE> ... </INCLUDE> για τα αρχεία #include που περιλαμβάνονται στις ενότητες συνοπτικής παρουσίασης. Περιέχει μία λίστα με αρχεία #include, χωρισμένα με κόμματα και χωρίς τα '<' και '>'. Αν δεν τη χρησιμοποιήσετε στο εσωτερικό κάποιας ενότητας, θα αφορά όλες τις ενότητες μέχρι το τέλος του αρχείου. Αν τη χρησιμοποιήσετε στο εσωτερικό μιας ενότητας, τότε θα αφορά μόνο τη συγκεκριμένη ενότητα.